Есть еще вариант с Сахалина. Каждую неделю в период навигации (с мая по конец сентября где-то) в порт Корсаков (Южнее областного центра на 40 км) заходит паром из Японии.
Иными словами, путь будет таков.... Комсомольск-на-Амуре - Хабаровск (автобусом - около 8 часов), Хабаровск - Южно-Сахалинск (самолётом - около часа), Южно-Сахалинск - Корсаков (автобусом - около часа), Корсаков - Вакканай (паромом - около 5-6 часов) , Вакканай - Токио на поезде.
Есть вариант до Сахалина добраться паромом: Комсомольск-на-Амуре - Ванино - Холмск - Южно-Сахалинск.
Что касается цен, то цены на перелет Хаб-ЮС нужно заранее мониторить, т.к. бывают акции и можно будет взять билет и за 5 килоруб. и за 10 куилоруб. в одну сторону. Зависит от сезона. На пароме самый дешевый билет в каюте около 1500 руб., можно взять палубный за около 800 руб, но там придется все время в курилке сидеть, а плыть часов 18. Билет на автобус Холмск-ЮС (2 часа ехать) - около 300 руб., на автобус ЮС-Корсаков - 135 руб.; Цены на билеты на паром смотри здесь
http://www.heartlandferry.jp/russian/index4-2.html . Но путь будет далеко не близкий, так как Вакканай - это самый северный город Японии и сам можешь представить сколько оттуда добираться до Токио.